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上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）。九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院地处上海市中心城区黄浦区。医院承担本市部分基本医疗，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健定点医院。
九院是一所以口腔、整复外科、骨科和眼科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。医院积极响应政府号召，坚持公立医院公益性办院，近年来九院在援摩、援滇、援疆和支持市郊奉城医院的医疗工作中，取得良好的社会效益。九院连续十一届评为上海市文明单位。2012年复旦大学医院管理研究院公布的《2011年度中国最佳医院及最佳专科声誉排行榜》该院排名全国第21名（100家医院）；整复外科荣获《中国医院最佳专科声誉排行榜》第1名、口腔医学荣获第3名，骨科、眼科分别获得全国最佳专科提名。
截至2012年12月，九院占地面积61亩，总建筑面积17.3万平方米。核定床位数1000张，实际开放床位1019张。口腔综合椅位260张，临床科室37个，医技科室10个。全院职工近2400人，医疗专业技术人员占80.8%以上。现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授。
“十二五”以来九院学科建设水平不断发展。医院现拥有3个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科）现为国家重点学科，心血管内科为国家重点学科组员单位（牵头单位瑞金医院）；口腔基础医学现为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科和眼科为国家临床重点专科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。九院也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。
“十二五”以来九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模最大的整形外科医学中心和国内最大的整形外科医教研中心。口腔颌面外科已达到国际领先水平，牙体牙髓病科、牙周病科、口腔粘膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领先水平，部分国际先进水平。骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位。眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗全国领先，眼科、辅助生殖科临床规模和诊疗水平达到长三角地区领先地位。心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市领先水平。现任临床医技科主任近60%为博士生导师。九院已成为一所特色鲜明、临床科技创新核心竞争力强的三级甲等综合性医院。
2012年医院门急诊人次数 243.86万人，年门诊手术人次数6.62万人次；年住院人次数5.16万人，年住院手术人次数3.62万人。平均住院日8.12天，床位周转率50.69床/次，床位使用率111.03％。
截至2012年12月，硕士生导师111名，博士生导师71名，设有3个博士后流动站，15个博士点、20个硕士点。医院现有1个组织工程国家工程研究中心，1个教育部数字医学工程研究中心，上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室。拥有上海市整复外科研究所、上海市口腔医学研究所、上海市生物材料研究测试中心和上海交通大学医学院眼科视觉研究所。上海市科技功臣1人，上海市十大科技精英2人。有中国工程院院士3人，国家973首席科学家1人，国家杰出青年3人，长江特聘/讲座教授4人，中组部“千人计划”1人、新世纪百千万工程国家级人选2人、教育部跨世纪人才计划4人、卫生部突出贡献中青年专家4人、上海市领军人才7人，以及上海市科委学科带头人、启明星（后）、曙光计划、医学领军人才等市级以上人才培养计划近100人次。九院现为上海市住院医师规范化培训基地，2011年11月上海市卫生局、上海市医务工会主办的首届上海市卫生系统住院医师岗位技能竞赛九院参赛队获得全市第一名。
九院是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室。医院以提高教学质量为核心，加强临床医学教育，积极推进教学改革。“十一五”期间医学院获得国家精品课程3项、国家级优秀教学团队1个，国家级双语教学示范课程1项。大学生创新性实验项目国家级11项。担任全国高等院校口腔医学专业本科规划教材主编6人次。获得全国高等医药院校优秀教材奖3项，人民卫生出版社课件教学建设-医学大讲堂主讲名师1项，人民卫生出版社课件教材建设4项。口腔医学还获得上海市高水平特色建设项目、上海市本科教育高地第三和第四期建设项目和085工程项目资助。
2006～2012年间，医院立项科研项目820项，科研总经费21271万元。其中国家自然科学基金242项（其中国家杰青2项，重点项目3项，重大研究计划培育项目1项）。获国家级奖项3项（国家科技发明二等奖1项、国家科技进步二等奖2项），省部级奖项39项（其中一等奖8项）、上海市卫生系统银蛇奖一等奖1项。发表SCI收录论文723篇。中国科学技术信息研究所公布的“2011年度中国科技论文统计结果”中显示，2011年该院共发表SCI论文208篇，其中表现不俗的SCI论文45篇，全国排名第17， SCI论文他引次数全国排名第20，均首次进入全国前20名。张志愿、钟来平团队发表高影响因子论文《J. of Clinical Oncology》（IF=18）